राज्य सरकार को सौंपी गई अपनी रिपोर्ट में सुप्रीम कोर्ट के सेवानिवृत्त न्यायाधीश हरजीत सिंह बेदी ने राज्य में हुईं फर्जी मुठभेड़ों में गुजरात पुलिस द्वारा समीर खान पठान, हाजी इस्माइल और कासिम जैफर के तीन एनकाउंटरों को फर्जी पाया। रिपोर्ट में हत्या के लिए आरोपी पुलिसकर्मियों पर मुकदमा चलाने का सुझाव दिया गया है। रिपोर्ट में उल्लिखित पुलिस कर्मियों में सेवानिवृत्त अधिकारी तरुण बारोट और के एम वाघेला शामिल हैं, दोनों पर सादिक जमाल मेहतर मुठभेड़ मामले में मुकदमा चल रहा है। इशरत जहां एनकाउंटर में बारोट एक प्रमुख आरोपी हैं। अक्टूबर 2002 में गोधरा दंगों के बाद पहली बार हुई मुठभेड़ में समीर पठान का एनकाउंटर किया गया था। पुलिस ने कहा था कि पठान ने गुजरात के तत्कालीन सीएम नरेंद्र मोदी से दंगों में मुसलमानों की हत्या का बदला लेने की साजिश रची थी।
डिटेक्शन ऑफ क्राइम ब्रांच (DCB) के अधिकारी एनकाउंटर के लिए जिम्मेदार थे। तब उसके हैड आईपीएस आधिकारी डीजी वंजारा थे। डीसीबी ने कहा था कि पठान जैश-ए-मोहम्मद आतंकवादी था। डीसीबी में वंजारा के वरिष्ठ गुजरात के पूर्व पुलिस महानिदेशक पी पी पांडे थे, जिन्हें पिछले साल इशरत जहां मुठभेड़ मामले से बरी कर दिया गया था।
हाजी इस्माइल “फर्जी मुठभेड़” मामले में न्यायमूर्ति बेदी ने पुलिस अधिकारियों के जी इरडा, जे एम यादव, एस के शाह, पराग व्यास, एलबी मोनाला के खिलाफ आपराधिक मामला दर्ज करने की सिफारिश की है। इरडा 2002 के गुलबर्ग सोसाइटी नरसंहार मामले में आरोपी थे और बाद में बरी हो गए थे। 2006 में कासिम जाफर की मुठभेड़ में पुलिस ने सड़क दुर्घटना में मौत की सूचना दी थी। जस्टिस बेदी की रिपोर्ट में डिप्टी एसपी जे.एम. भरवाड़ और कांस्टेबल गणेशभाई को जैफर की मौत के लिए जिम्मेदार पाया गया। रिपोर्ट में कहा गया है कि दोनों पर हत्या का मुकदमा चलना चाहिए।
समीर पठान को पहले ही जैश के साथ कथित रूप से जुड़े होने के कारण गिरफ्तार किया गया था। पुलिस ने कहा था कि उसने पाकिस्तान में आतंकी प्रशिक्षण लिया था। कांस्टेबल की हत्या के मामले में डीसीबी अधिकारियों ने उसे नारनपुरा पुलिस के के एम वाघेला को सौंप दिया था। वाघेला, तरुण बारोट, जे जी परमार (सादिक जमाल और इशरत काउंटर मामलों में आरोपी) के नेतृत्व में एक टीम, पठान को अपराध के दृश्य में ले गई जहां उसने कथित रूप से कांस्टेबल को मार डाला था। साइट पर, पुलिस ने आरोप लगाया था, पठान ने वाघेला की रिवाल्वर छीन ली और बचने के लिए हवा में गोली चला दी। बारोट और ए ए चौहान (अब मृतक) ने क्रमशः पठान को सिर और छाती पर मारकर दो और एक राउंड फायरिंग की।